簡單說，內分泌系統運作正常(包括腦下垂體、卵巢、睪丸)才能產生精子和卵子，接著排卵正常、精子輸送正常，再接著精子和卵子能相遇，才能受精，受精之後要能在子宮著床並發育成胚胎，這些環節都沒問題才能生下小孩。所以，內分泌系統運作異常(先天異常、手術、放射線治療、外傷、腫瘤、藥物......)、排卵異常(多囊性卵巢、卵巢提早衰竭、泌乳素過高...)、精子製造異常(隱睪症、腫瘤......)、精子卵子難相遇(輸卵管阻塞、輸精管疾病、子宮結構異常、子宮沾黏...)、著床失敗，都會造成懷孕失敗。
具體來說，女性不孕症常見的可能原因有：排卵疾病(約占25%，例如：多囊性卵巢、腦下垂體疾病、卵巢提早衰竭、泌乳素過高、年齡較高)、子宮內膜異位症(占15%)、骨盆腔沾黏(占12%)、輸卵管阻塞(占11%)、輸卵管其他問題(占11%)、泌乳素過高(占7%)。剩下原因包括：子宮或子宮頸結構異常、基因異常、生活習慣、免疫因素(自體抗體)、原因不明。至於男性不孕症，大部份原因不明(40~50%)，其次和睪丸疾病有關(30~40%)，剩下包括：精子輸送過程異常(10~20%)、內分泌疾病(1~2%)。
雖然有以上的了解，但是很難針對某個檢查結果異常，就下定論那就是不孕症的原因，例如：男方精蟲數量較少但並非無精子、女方輸卵管部分阻塞但並非完全不通，這些都不是絕對的無法懷孕。也就是說，個別不孕症患者的確實原因，是很難斷定的，很可能是多因素共同造成的。
以往的文學或戲劇常出現這樣的劇情：夫妻結婚沒有小孩，婆婆怪罪媳婦、或者要求娶二房。時代進步，醫學知識普及，現代這樣的觀念應該少了些，並且，我們可以進一步根據大規模研究，說得更準確：，不孕症的原因大約有37%只和女方有關，8%只和男方有關，但有35%同時和男女雙方有關。也就是說，不孕症的原因和男女雙方都有關係(約有43%和男方有關，約有72%和女方有關)，所以通常會建議男女雙方一起看診。
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